Taijutsu to najprościej mówiąc sztuki walki bez użycia broni, praktykowane przez ninja. Zalicza się do nich w większości zwykłe ciosy i kopnięcia nie wymagające kumulowania chakry i pieczęci dłońmi. Taijutsu to jednak sztuka, którą rozwija się najwolniej i wymaga od ninja wkładu ciężkiej pracy i dużego poświęcenia.

Dla shinobi specjalizującego się w walce wręcz najważniejszymi cechami są siła, szybkość i wytrzymałość. Ninja traci cały swój czas na rozwijanie tych umiejętności, aby mieć większą przewagę w walce. Jednak im jest się silniejszym, tym trudniej jest podnosić poziom atrybutów swojego ciała.

Kiedy shinobi osiąga wystarczająco wysokie wyniki w Taijutsu, jest gotów do treningu otwierania bram. Jest to jednak niezwykle ryzykowne, albowiem zdejmowanie ograniczników mózgu z mięśni bardzo je nadwyręża, a nawet uszkadza. Tej sztuki używają jedynie ninja o dużej wytrzymałości ciała.

Większość technik Taijutsu opiera się na stylu „Twardej Pięści”. Zadaje ona obrażenia zewnętrzne, na przykład łamiąc przeciwnikowi kości. Jest jednak jeszcze jeden styl, zwany „Miękką Pięścią”. Praktykuje go jednak tylko klan Hyuuga, który posiada do tego odpowiednie preferencje (znakomita kontrola własnej chakry oraz Byakugan). Techniki Juuken uszkadzają narządy wewnętrzne człowieka, przez co jego organizm nie może normalnie funkcjonować. Bardziej zaawansowane techniki tego stylu potrafią nawet blokować punkty meridianowe.