Każdy ninja urodził się, dorastał i uczył się podstaw ninjutsu w swojej "ojczyźnie", czyli jednej z kilku rozsypanych po świecie Wiosek (Gakure). Wioska stanowi podstawę militarną każdego kraju i zwykle jest politycznie zależna od władców, którzy przeznaczają spore dotacje pieniężne w zamian za wykonywanie dla nich różnorakich zadań. Niektóre państwa, takie jak np. Kraj Obłoków mają w swoich granicach więcej niż jedną osadę ninja. Wszystko zależy od możliwość i potęgi danego zarządcy. Także "polityka wewnętrzna" w danej Wiosce, czyli proces rekrutacyjny, szkolenie adeptów itp. jest z reguły wymuszana przez głowę państwa. Ogólnie możemt przyjąć, że istnieje pięć głównych osad - Liścia, Mgły, Piasku, Obłoku i Skały; na ich czele stoi pięć "Cieni", czyli Kage, odpowiednio - Hokage, Mizukage, Kazekage, Raikage i Tsuchikage. "Cienie" to wielcy ninja danej epoki, których umiejętności znacznie przekraczają możliwości zwykłych śmiertelników. Może się zdarzyć, że dana Wioska będzie miała dwóch, a nawet trzech (!) Kage w jednym momencie (tak jak to miało miejsce w przypadku Konoha-Gakure). Oprócz nich, osady dysponują "radą starszych", czyli dwójką, bardzo bliskich doradców, którzy w wypadku śmierci danego Kage mają uprawnienia by wybrać następnego. Poza tym sprawują bezpośrednią władcę w czasie, gdy ich "wódz" przebywa np. na polu walki. W serii do tej pory pojawiło się 10 Gakure.