Pierwszym krokiem do bycia ninja jest oczywiście akademia. Dzieci są tam posyłane zazwyczaj po ukończeniu dziewięciu lat i pobierają nauki do wieku lat trzynastu, jednak szczególnie utalentowane jednostki mogą szkołę zacząć wcześniej i wcześniej ją też skończyć. W tych akademiach uczniowie nie uczą się wykonywać misji, tylko zapoznają się z podstawami umiejętności ninja oraz poznają techniki stosowane w walce. Nauka kończy się testem przed komisją egzaminacyjną. Niestety, nie wszystkim jest dane przetrwać pomyślnie ten egzamin - wielu odpada i tylko kilku zostaje uznanych oficjalnie za ninja, czemu towarzyszy wręczenie opaski z emblematem osady.

od 1 posta